2001 startete SOS-Kinderdorf in Österreich sein erstes Projekt für unbegleitete minderjährige Flüchtlinge. Zum Jubiläum stellte das SOS-Clearing-House in Salzburg/Aigen seine Arbeit vor. In fünf Jahren hat es über 300 junge Burschen, Mädchen und junge Erwachsene betreut. 21 haben in der Zeit Asyl erhalten, 24 einen befristeten Aufenthalt. Für alle anderen laufen die Verfahren noch, der Ausgang ist ungewiss. Derzeit sind 40 Flüchtlinge im Haus, die meisten stammen aus Afghanistan.
Schwerpunkte sind psychosoziale und medizinische Grundversorgung, Deutschunterricht, Hilfe in Rechts- und Asylfragen und bei der Entwicklung von Zukunftsperspektiven. In Hall in Tirol betreibt SOS-Kinderdorf inzwischen ein zweites Flüchtlingsprojekt.